Budowę obecnej świątyni rozpoczęto w 1346 roku na miejscu wcześniejszego drewnianego kościoła z około 1280 roku. Początkowo planowano wzniesienie bazyliki, jednak w 1367 roku zmieniono koncepcję na budowlę halową, co było popularne w miastach należących do Hanzy. Prace budowlane trwały etapami do połowy XV wieku; w 1442 roku ukończono sklepienia gwiaździste oraz 63-metrową wieżę, która do dziś dominuje w panoramie miasta .
W ciągu wieków kościół był wielokrotnie niszczony i odbudowywany. W 1480 roku wieża uległa zniszczeniu wskutek uderzenia pioruna. Podczas wojny pruskiej w 1520 roku świątynia została poważnie uszkodzona. Największe zniszczenia miały miejsce w styczniu 1945 roku, kiedy to wycofujące się wojska niemieckie wysadziły wieżę, obawiając się jej wykorzystania przez Armię Czerwoną jako punktu obserwacyjnego. Zniszczeniu uległa znaczna część kościoła, pozostawiając jedynie fragmenty murów i filarów .
Odbudowę rozpoczęto w 1979 roku z inicjatywy księdza Tadeusza Brandysa. Pierwsza msza święta po odbudowie odbyła się w 1981 roku, a uroczyste poświęcenie miało miejsce w 1982 roku . W 2001 roku papież Jan Paweł II nadał świątyni tytuł bazyliki mniejszej .
